Probiyotik besinler ikiye ayrılır. Birincisi doğal olarak probiyotik besinler, ikincisi sonradan işlem görerek probiyotikleşen besinlerdir. Doğal probiyotik besinlere örnek olarak kefir, kımız gibi besinlerdir. Diğer probiyotik besinler ise bebek mamaları, bazı meyve suları, bazı süt ürünleri gibi besin kategorisine girer.